Smatra se da je ovo bilo glavno sjedište Ilira, a u vrijeme rimske vladavine grad je naglo dobio na važnosti radi bogatih nalazišta zlata.



Zanatstvo i trgovina su bili razvijeni i prije dolaska Osmanlija u gradovima poput Kozograda, Zvonigrada i Kastela koji su se nalazili na području današnje Fojnice i njene okoline. Tvrđava Kozograd nalazi se na obroncima Zec planine i pretpostavlja se da je sagrađena najkasnije početkom 15. stoljeća, te da su se u njoj dubrovački rudari skrivali zajedno sa svojim blagom od osvajačkih trupa. Također se vjeruje da je ovo posljednja utvrda u kojoj je boravila kraljica Katarina prije nego je izbjegla za Dubrovnik i odatle za Rim, da se nikada ne vrati u pokoreno kraljevstvo koje je ostavila za sobom.



Zvonigrad je vrlo vjerojatno prahistorijsko naselje u kome su rudari tražili utočište. Kasteli se nalazi u blizini planinarskog doma Zahor i privremeno je bio utočište franjevačkim monasima za vrijeme turskog pohoda na Bosnu. Sva tri grada danas se nalaze u ruševinama.
Fojnica kao grad se prvi put spominje 1365. godine kada su ovamo došli njemački i dubrovački rudari kako bi eksploatisali ovo područje bogato željeznom rudom. Krajem 15. stoljeća nakon turskog prodora Fojnica je brojala 329 porodica. U isto vrijeme grad Mostar koji je sad 20 puta veći od Fojnice, brojao je samo 19 kuća.